医院科室设置齐全，人才济济，设备先进，专科特色显著。共有一级临床和医技科室18个，二级临床科室14个，核定床位300张。医院现有职工487人，其中高级职称99人，中级职称149人。有全国名中医4人，省名中医3人，市名中医5人，享受国务院专家特贴6人。消化专科为我市唯一的省级重点中医专科，风湿病专科、蛇伤专科、中医妇科、骨伤科、肛肠科、中医儿科为市级重点中医专科，在省内外有较大影响。肾病专科为重点建设专科，骨伤科的颈椎手术、关节置换手术达国内先进水平，肾病专科开展的亲体肾移植为省内首例。

建院以来，获科研成果奖40多项，其中“季德胜蛇药片”、“拔核疗法治疗瘰疠”、“新药金荞麦”为国家级成果。

近几年，医院紧紧围绕“中医很优秀，西医也一流”的奋斗目标，深化改革，强化管理，引进人才，改善服务，业务量快速增长，连续四年医院跨越发展。

2006年，南通市中医院以医院管理年活动引领全院工作，继续深化改革，与时俱进，开拓创新，走科技兴院、人才兴院、品牌兴院、服务兴院、质量兴院之路，在连续五年实现跨越式发展的基础上，各项指标再次刷新记录。医院紧紧抓住“管理、质量、安全、服务、控费”五大环节，进一步加强管理的规范化、制度化、程序化、科学化建设，深入扎实地开展“医院管理年”活动。2005年6月，医院成功地承办了“首届全国著名中医药学家传承高层论坛”，30多位国家级著名中医药学家及近千名代表齐聚盛会共商传承发展中医大计，卫生部副部长、国家中医药管理局局长佘靖亲临大会，并视察了南通市中医院，充分肯定了南通市中医院这几年的跨越式发展。

管理上，南通市中医院在全市率先实行院科两级委托管理体制，充分调动了科室的积极性，医院业务建设又有新发展。中医药特色品牌更响，肝胆脾胃专科、中医乳腺专科、不孕不育专科、蛇伤专科、内病外治专科、小针刀专科、肛肠科等专科的业务量明显上升。医院大力引进新技术，开展新项目。投资300多万元，购置DSA，开展了肿瘤介入、部分脾栓塞治疗脾功能亢进症、永久性心脏起搏器安装、冠状动脉造影、冠脉球状扩张、支架植入等项目。消化科开展无痛胃镜检查、镜下胃肠疾病治疗;胸外科开展心脏破裂修补术和先天性动脉导管未闭修补术;骨科开展的颈前路治疗颈椎骨折、髋关节全置换等手术。这些项目的开展标志着南通市中医院的技术水平又上一台阶，增强了医院的竞争力。

2006年，南通市中医院门急诊34.04万人次，出院病人8354人次，医院收入1.37亿元，与2005年同期相比分别增长10.28%、3.54%、11.1%，增长幅度在省内名列前茅。

南通市中医院人正以“继承、创新、求实、奋进”的精神风貌，向着基本现代化医院的目标迈进!