医院核定床位550张，实际开放床位611张。医院设有28个临床科室，8个医技科室。医院拥有2台神经外科手术导航系统、多台手术显微镜、神经内窥镜、立体定向治疗仪、数字化X光成像系统、320排CT、3.0磁共振、高档彩超、大型DSA等100万元以上大型医疗设备共计20余台。2014年门急诊病人807,189人次，出院病人16,602人次，住院手术总数8,296人次。

医院现有职工998人，其中副高以上职称106人，博(硕)士以上学历70人，博士生导师1名，硕士生导师3名;拥有上海市“杏林新星计划”2人，浦东新区学科带头人3人，浦东新区优秀青年医学人才7人。医院树立“大专科、强综合”的办院方向，形成以脑科为特色专科，泌尿外科、口腔科、急诊科、普外科、骨科、妇科、产科、儿科、肾内科、肿瘤科、眼科等专科全面发展的格局。医院为全国综合性医院中医药工作示范单位，神经外科是上海市重点专科，也是浦东新区“脑卒中一体化救治”重点学科群的领衔科室，泌尿外科、口腔科是浦东新区特色专科，儿科是上海市儿童医学中心分部。神经外科、普外科等6个专科为上海市住院医师规范化培训教学基地。

医院注重发挥区域医疗中心的辐射作用，与周边9个社区卫生服务中心以及浦东新区精神卫生中心、浦东新区妇幼保健院共12家一、二级医疗机构共同组建成立了“浦东世博地区医疗联合体”，初步实现以一级和二级医院间双向转诊、医疗资源优化与共享、医务人员联合培训考核、医疗技术协作为主要内容的浦东世博地区医疗资源的横向和纵向整合，2014年双向转诊病人总计为4830人次。

医院在注重医疗质量的同时，不断加强精神文明建设和职业道德培养，并提出努力成为上海市医疗服务最佳的医院之一。2014年医院病人总满意率为98.84%，在中国医院院长杂志主办的评选活动中，被评为“金域杯”中国最具惠民基层医院。

医院秉承“严谨、规范、务实、创新”的宗旨，坚持 “以病人为中心、以质量求生存、以特色求发展”的核心理念和 “和谐、敬业、仁爱、卓越” 的医院精神，将继续在深化医院科学化管理的道路上稳步前进。

目前上海市浦东新区浦南医院是一所公立二级甲等综合性医院。

二十世纪七十年代，随着上海区域发展的需要，为了改变浦东南片域区缺医少药状况，原上海市南市区政府及上海市卫生局决定在浦东南码头路与浦东南路交界处建立一所区级综合性医院，即当时的浦南医院，地址为浦东南路2400号。

医院于1980年动工，1983年5月竣工，7月正式投入使用。当时开设床位200张，员工262名。

浦东新区管委会成立后，于1993年3月正式接管浦南医院，并将其更名为“上海市浦东新区浦南医院”。1994年6月，由浦东新区政府投资的上海市浦东新区浦南医院住院部大楼在距医院原址约200米的南码头路临沂路口动工兴建，地址为南码头路519号(临沂路219号)，于1999年3月正式投入使用。新医院开设床位迅速扩容到420张。

2003年12月，由浦东新区社发局与上海蓝十字医院管理投资有限公司签订了上海市浦东新区浦南医院委托管理协议。自此，医院在全市率先实行了“国有民营，委托管理”模式的改革试点，期间蓝十字医院管理投资有限公司奠基和动工建造上海市浦东新区浦南医院的南院。“国有民营，委托管理”模式至2008年年底结束，回归国家行政管理模式，由浦东新区社发局直接管理，南院同时也被接管，由政府投资建设，于2015年4月正式投入使用。